但是在平定南诏后，因为与从前镇守成都的“突将”发生“俸禄”冲突，高骈竟然带人闯入这些“突将“家中，上至白发苍苍的老人，下到襁褓中的婴儿，一个不留全部处死。一时间血流成河，哭声动天，仿佛人间地狱，惨不忍睹。一夜间竟然杀死数千人。
后来黄巢兵起，直指长安，朝廷对身在扬州统兵，肩负宰相之职的高骈十分依赖，举国上下都希望他能出兵护国，扭转乾坤。高骈“下令将出师”。心腹毕师铎替他出了一个馊主意说，将军您现在功勋卓著，贼尚未平，而朝廷中已有口舌是非，一旦贼平，则有功高震主之嫌，何不坐山观虎斗，自求多福呢？
黄巢军入长安时，唐僖宗急调高骈勤王，他不服朝廷节制，并未奉诏出兵，只是命其幕客新罗人崔致远作《檄黄巢文》，出兵至扬州东塘百余日，以虚张声势，此后又上表请唐僖宗巡幸江淮，被唐廷质疑为挟天子以令诸侯。
高骈的小心眼坏了大事。尽管朝廷对其“倚若长城”，奔送诏谕的使者相望于道。但他仍然拥兵不出。唐僖宗终于对这名大唐宿将心灰意冷。无奈之下，只得将都统的兵权移交给曾遭罢相的王铎，对高骈则进行加爵削权的冷处理。
高骈一向瞧不上眼的王铎号召各镇诸侯讨伐流贼。中和三年四月，长安被官军收复。捷报传来，高骈顿感颜面尽失、威望一扫而光。
高骈从此意志消沉，他在《写怀二首》中吐露心思：
渔竿消日酒消愁，
一醉忘情万事休。
却恨韩彭兴汉室，
功成不向五湖游。
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